全自動軟水器實行自動控制，運行操作方便，比傳統的手動軟水器更受青睞。

然而，全自動軟水器中的離子交換樹脂也會受污染，究其原因，大體上有如下幾種：

有機物污染

有機物是污染離子交換樹脂，特別是強堿性陰樹脂的主要雜質。有機物分子量一般都較大，特別是腐殖質酸，它對樹脂的污染主要有兩種形式。一是有機物的羧基與樹脂活性基團的結合;二是有機物依靠分子與分子間的引力，吸附在離子交換樹脂上。有機物對樹脂的污染，會降低其對離子的交換能力。

油類污染

油類雜質能堵塞離子交換樹脂的微孔，使這些微孔中的活性基團不能進行離子交換，從而降低了樹脂的工作交換容量。油質的來源，多半是由于操作不慎或設備有漏油而造成的。

懸浮物污染

水中懸浮物微粒會包圍在離子交換樹脂的顆粒表面，從而隔絕了樹脂的離子交換過程，使樹脂受到污染。這種污染以陽床樹脂最為嚴重。

高價金屬離子產生的污染

高價金屬離子會由于混凝處理操作不當或設備腐蝕，而隨入床水進入交換床。由于這些高價金屬離子與樹脂間有較高的交換能力，因而被牢固地吸附在離子交換樹脂上，并不易被再生“洗脫”下來，因而使樹脂失去交換作用。這種高價金屬離子對交換樹脂的污染，有些稱這種現象為“重金屬中毒”。

再生劑不純產生的污染

如果再生劑不純，其中混有許多雜質(如氫氧化鈉中就常有氯化鈉或鐵化物等雜質)，從而對樹脂產生污染。離子交換樹脂受到污染不及時清理就會影響出水水質，因此在全自動軟水器的使用過程中，要隨時關注樹脂狀況，若污染嚴重，則需更換新樹脂。